Maarjapeakse soo Maarjapeakse uuringuala (joonis 38) asub Luitemaa looduskaitseala Mõtuse ja Maarjapeakse sihtkaitsevööndis. Mõtuse sihtkaitsevöönd hõlmab uuringualast enda alla rabamassiivist põhja- ja idapoole jäävad metsad, rabamassiiv ning keskel olev moreenist koosnev poolsaar (joonis 38) moodustavad Maarjapeakse sihtkaitsevööndi. Vastavalt kehtivale Luitemaa looduskaitseala kaitse-eeskirjale (RT I 2006, 48, 362) on nende sihtkaitsevööndite kaitse-eesmärk „metsakoosluste kaitse ning taastamine ja haruldaste liikide kaitse“ ja „soo- ja metsakoosluste kaitse ja taastamine ning haruldaste liikide kaitse“. Lubatud tegevuste hulgas on „kaitsealuste liikide elutingimuste säilitamiseks vajalik tegevus“ ja Mõtuse sihtkaitsevööndis „metsakoosluse kujundamine vastavalt kaitse-eesmärgile“. ELF-i sooinventuuride andmebaasi kohaselt on Maarjapeakse sood inventeeritud 1997. aastal. Valdavalt on tegu rabaga (7110), mida ümbritseb siirdesoo vöönd (joonis 38). Soo „hobuseraua“ idapoolset osa on hinnatud ülikõrgeks (üldhinnang A), läänepoolne osa on saanud kõrge (B) üldhinde. Lisaks kaitsealaustele kooslustele leidub Maarjapeakse rabas ja servametsades arvukalt kõigi kaitsekategooriate alla kuuluvaid loomi ning linde, samuti on ümbruskonna metsades arvukalt vääriselupaiga tunnustega alasid.
Joonis 38. Vasakul on esitatud Maarjapeakse uuringuala (lilla joon), paremal väljavõte mullakaardist. Kuivendussüsteemid on rajatud kahes etapis: suured sood läbivad magistraalkraavid rajati juba enne 20. sajandit (joonis 39). Järgmine suurem kuivendussüsteemide rajamine toimus aga aastatel 1962-1969, mil rajati metsakasvatuslikel eesmärkidel ca 100 m vahega kuivenduskraavide võrgud rabaharude vahel ning idas asunud madalsoo ja soostuvate metsade kuivendamiseks. Samal ajal ehitati välja ka praegune kruusateede võrk rabast idas ning põhjas. Kuivendussüsteeme ulatuslikult rekonstrueeritud ei ole, va kruusateede äärekraavid ning seetõttu on kraavid üldiselt amortiseerunud. Vanemad, sood läbivad 37